Le président est nommé pour un mandat d'une durée de cinq ans renouvelable une fois, par décret du Président de la République pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, après appel de candidatures publié au Journal officiel de la République française.
Le conseil d'administration émet un avis sur le profil du poste.
Le président est choisi, sans condition de nationalité, parmi les personnalités ayant une compétence scientifique dans les domaines d'activité de l'école.
Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission comprend de huit à douze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur. Elle est composée de personnalités scientifiques françaises et étrangères choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école ainsi qu'un représentant élu des professeurs des universités et personnels assimilés et une personnalité qualifiée membres du conseil d'administration de l'école sur proposition de celui-ci.
Les fonctions de président sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de fonctions électives au conseil d'administration et au conseil scientifique et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.