Le directeur général de l'ENSM est chargé de l'organisation des examens relevant de la commission générale qui se réunit deux fois par an, en juin et en septembre.
Le calendrier et les centres d'examen des épreuves écrites, orales et pratiques sont fixés pour chaque session d'examen par arrêté du ministre chargé de la mer, sur proposition du directeur de l'ENSM et après avis de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.