L'institut comprend en son sein un comité scientifique, composé de quatre collèges, compétents en matière de formation, d'études, de recherche, de veille et d'analyse stratégique et concernant les questions :
1° De sécurité du territoire, incluant la sécurité intérieure et la sécurité civile, sanitaire et environnementale ;
2° De sécurité économique ;
3° De gestion de crise ;
4° De justice et de droit.
Chaque collège est composé de neuf personnalités nommées par arrêté du Premier ministre, sur proposition du conseil d'administration de l'institut, pour une durée de cinq ans : experts du monde universitaire et de la recherche et personnalités qualifiées, dont des représentants des professions intéressées.
Le comité scientifique est réuni au moins deux fois par an. Il élit en son sein son président, chargé notamment de la coordination des travaux des collèges.
Le comité scientifique assiste le conseil d'administration et le directeur dans la définition des orientations générales de la politique de formation et de recherche. Il peut associer à ses travaux tout expert dont la présence serait jugée utile.
Le conseil d'administration de l'institut et son directeur sont destinataires des travaux du comité scientifique.