Le suivi et l'évaluation de l'assistance technique sont assurés par un comité qui en établit un bilan d'activité annuel.
Le comité comprend notamment des représentants des communes et des établissements publics de coopération intercommunale bénéficiaires, un représentant du préfet du département, un représentant de l'agence de l'eau et, s'il y a lieu, un représentant du ou des établissements publics territoriaux de bassin compétents dans le département concerné.
Les membres du comité sont nommés par le président du conseil départemental, en Corse, le cas échéant, par le président du conseil exécutif de Corse et dans les départements d'outre-mer par le président du conseil d'administration de l'office de l'eau.