Les échantillons d'eau doivent être prélevés de manière à être représentatifs de la qualité des eaux. Ils sont réalisés dans les conditions d'exploitations habituelles et conformément aux normes en vigueur.
La définition du plan d'échantillonnage dans le cadre du contrôle sanitaire, notamment la détermination des lieux de prélèvements des échantillons par le directeur général de l'agence régionale de santé conformément aux articles R. 1321-15 et R. 1322-41 du code de la santé publique, s'appuie sur les procédures d'analyses des dangers et de maîtrise des points critiques appliquées par l'exploitant conformément à l'article R. 1322-29 du code de la santé publique, sur le plan d'échantillonnage existant, et, dans le cas des établissements thermaux, sur la configuration des réseaux et les catégories de soins telles qu'elles sont définies en annexe II.
La gestion des lots, notamment leur libération, s'appuie sur les procédures d'analyses des dangers et de maîtrise des points critiques appliquées par l'exploitant conformément à l'article R. 1322-29 du code de la santé publique.