Le paiement de l'aide est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation, dont la composition est fixée par instructions aux préfets des régions concernées.
Le certificat de radiation est délivré par le service des douanes sur présentation d'une attestation de destruction délivrée par les centres de sécurité de la navigation ou le service des affaires économiques des directions interrégionales de la mer ou par les directions de la mer et du littoral et sous réserve de la levée des hypothèques enregistrées auprès du conservateur des hypothèques.