Les documents d'instruction et les communications provisoires de la chambre territoriale des comptes sont couverts par le secret professionnel que les experts sont tenus de respecter en application de l'article L. 262-52.
L'instruction conduite par la chambre territoriale des comptes dans le cadre de la préparation du rapport provisoire et confidentiel est menée avec, en particulier, l'ordonnateur dont la gestion est contrôlée.