L'école est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités du contrôle sont définies par arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur et du budget.