L'Institut de formation de l'environnement est doté de deux organes consultatifs : le conseil d'orientation et le conseil de la formation.
Le conseil d'orientation est consulté sur le fonctionnement de l'institut, sur ses projets pédagogiques et sur les questions qui lui sont soumises par son président.
Il est chargé d'émettre un avis sur les orientations générales de l'action et de la gestion de l'institut, et notamment sur son programme annuel d'activités et sur les conditions de son exécution.
Il contribue en particulier à la définition des politiques de formation et vise à s'assurer de la cohérence de l'exercice des missions de l'institut tant du point de vue des projets pédagogiques que de la situation des bénéficiaires des actions de formation initiale et continue.
Le conseil de la formation est consulté sur l'organisation générale et le contenu des différents types de formation ainsi que sur les conditions et les modalités de leur évaluation.
Il donne également son avis sur l'organisation et le contenu des enseignements, le choix des méthodes pédagogiques ainsi que le contrôle des connaissances.
La composition, l'organisation et le fonctionnement du conseil d'orientation et du conseil de la formation sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'environnement.