Le président du Conseil national d'évaluation du système scolaire propose un programme de travail annuel aux membres. Ce programme est approuvé par une délibération du conseil.

Sous l'autorité du président, un secrétaire général, nommé par le ministre chargé de l'éducation nationale, assure l'organisation des travaux du conseil prévus aux articles L. 401-1 et L. 241-12.

Les frais occasionnés par les déplacements et les séjours des membres du conseil et des personnes qu'il appelle en consultation sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.