Le conseil scientifique comprend au maximum vingt-cinq membres.
Il est composé :
1° De personnalités qualifiées, françaises et étrangères, désignées par le président ;
2° Pour au moins un tiers de son effectif, de représentants élus des personnels d'enseignement et de recherche, des ingénieurs de recherche, des élèves et des étudiants. Au moins deux doivent être des représentants élus des professeurs d'université et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation et au moins deux des représentants élus des autres personnels d'enseignement et de recherche ;
3° De représentants d'institutions partenaires, choisies par le président de l'école après avis des autres membres du conseil scientifique.
Le conseil scientifique élit son président parmi les personnalités qualifiées pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois.