Chaque organisme constitutif du réseau fait l'objet d'un audit sur place selon une périodicité fixée par le directeur et l'agent comptable de l'organisme national. Le directeur et l'agent comptable de l'organisme national peuvent prévoir une périodicité plus rapprochée pour les organismes dont les performances sont inférieures à la moyenne nationale, notamment dans la réalisation des objectifs des contrats pluriannuels de gestion. Le directeur peut également décider d'audits inopinés.

Pour l'exercice de sa compétence d'audit, l'organisme national peut requérir des organismes locaux la communication sur place ou sur pièces de tous documents détenus par ces organismes, notamment les pièces comptables et correspondances relatifs aux gestions techniques et budgétaires, à la comptabilité et au contrôle interne informatique de ces organismes.

Les auditeurs mettent en œuvre une procédure contradictoire à l'égard des organismes contrôlés. Les réponses de l'organisme assorties, le cas échéant, des observations des auditeurs sur ces dernières sont annexées au rapport d'audit définitif, qui est transmis pour information au service mentionné à l'article R. 155-1 dans un délai de trente jours suivant son adoption définitive.

Le directeur de l'organisme local est tenu de communiquer au directeur et à l'agent comptable de l'organisme national les suites données aux recommandations formulées.