La commission disciplinaire nationale prévue à l'article 19 du décret du 14 décembre 1998 susvisé siège au ministère de l'agriculture et de la pêche. Elle se réunit sur convocation du ministre.
Son secrétariat est assuré par un agent de la direction des exploitations, de la politique sociale et de l'emploi du ministère de l'agriculture et de la pêche, non membre de la commission.