A l'issue du concours d'internat en pharmacie, la procédure nationale de choix de la spécialité, de l'interrégion et du centre hospitalier universitaire (CHU) de rattachement est organisée par le directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière.
Les lauréats sont appelés à formuler leur choix, selon leur rang de classement et dans la limite du nombre de postes ouverts au concours, dans des conditions fixées par arrêté des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur.
A l'issue de la procédure nationale de choix, la liste des lauréats, comprenant les affectations dans une spécialité, une interrégion et un CHU de rattachement, est publiée par arrêté du directeur général du Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière.
L'interne ayant obtenu une première affectation et désirant bénéficier d'un deuxième choix d'affectation doit avoir exercé ses fonctions dans la discipline acquise à l'issue du premier choix. Pour être inscrit une deuxième fois au concours, l'interne fait connaître, par écrit, avant la fin du premier semestre de fonctions, à son unité de formation et de recherche (UFR), à son CHU de rattachement et à l'agence régionale de santé dont il relève son intention de renoncer au bénéfice du premier concours. Les résultats obtenus au cours de la deuxième tentative se substituent alors à ceux obtenus au cours de la première et en aucun cas l'interne ne peut poursuivre ses fonctions dans le cadre de sa première affectation.
Les fonctions d'interne validées à la suite d'un précédent concours sont prises en compte, en cas de réussite à un nouveau concours, selon des modalités fixées par les conseils des UFR.