Le secrétariat de la Cour nationale du droit d'asile est assuré par un secrétaire général nommé par le vice-président du Conseil d'Etat sur proposition du président de la cour.
Sous l'autorité du président de la cour, le secrétaire général encadre les services de la juridiction et veille à leur bon fonctionnement. Il est assisté par des secrétaires généraux adjoints.
Le président de la cour peut déléguer sa signature au secrétaire général, aux secrétaires généraux adjoints, aux fonctionnaires de catégorie A et aux agents contractuels chargés des fonctions de niveau équivalent pour la mise en œuvre des dispositions de l'article R. 733-18 ainsi que pour l'exécution des actes de procédure.