Le fonctionnement du Conseil national de la transition écologique est régi par les dispositions du décret n° 2006-672 du 8 juin 2006 relatif à la création, à la composition et au fonctionnement de commissions administratives à caractère consultatif ainsi que par le règlement intérieur qu'il établit. Son secrétariat est assuré par le commissariat général au développement durable.