Le pôle « contentieux » est chargé de l'enregistrement et du suivi ainsi que de l'exécution financière de l'ensemble des contentieux intéressant les ministères.
Il instruit les affaires portées devant le tribunal des conflits.
Il effectue une surveillance des risques contentieux.
Dans le cadre de l'article 11 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires, il assure la protection juridique des agents publics faisant l'objet de poursuites devant une juridiction civile ou pénale.
Il assure également le règlement des dépenses liées à des décisions spécifiques d'indemnisation à la charge de l'administration et à des transactions.
En lien avec les autres pôles, il apporte son expertise en matière de procédure contentieuse, de droit du contentieux et de rédaction des mémoires et recours.