L'ensemble des subventions publiques versées au titre du projet d'investissement présenté par le demandeur doit respecter les règles d'encadrement communautaire des aides aux investissements. Le montant total des subventions publiques est limité à 40 % du montant subventionnable et à 50 % dans les zones défavorisées. Lorsque les investissements sont réalisés par un exploitant jeune agriculteur ayant perçu les aides à l'installation en application des articles D. * 343-3 à D. * 343-18 du code rural et de la pêche maritime dans la mesure où l'engagement juridique intervient dans la période de cinq ans suivant la date d'installation retenue dans le cadre du certificat de conformité à l'installation, ces taux plafonds sont portés respectivement à 50 % et 60 %.
La subvention accordée au titre du plan de modernisation des bâtiments d'élevage n'est pas cumulable avec une aide accordée à compter du 1er janvier 2007 sous forme de bonification d'intérêts, à l'exception des prêts à moyen terme spéciaux attribués au titre de la mesure Installation des jeunes agriculteurs. Cette disposition ne s'applique pas aux prêts présentés et octroyés dans le cadre d'un plan d'amélioration matérielle ou d'un plan d'investissement agréé avant le 31 décembre 2006 dans les conditions fixées par le ministère chargé de l'agriculture.
Elle n'est cumulable ni avec des aides à la modernisation accordées par d'autres dispositifs inscrits dans le PDRH, ni avec des aides accordées par d'autres dispositifs inscrits dans les contrats de projets Etat-région 2007-2013 (CPER) ou hors CPER. Cette disposition ne s'applique pas aux dossiers engagés au titre du programme de maîtrise des pollutions liées aux effluents d'élevage (PMPLEE) dit PMPOA2, avant le 31 décembre 2007, lorsqu'il y a transfert sur le bâtiment neuf.
L'aide accordée au titre du PMBE peut se cumuler avec l'aide du plan de performance énergétique (PPE). Dans ce cas, le projet de modernisation présenté dans le cadre du PMBE conserve ses règles de gestion, les règles spécifiques du PPE s'appliquant uniquement au volet énergie du projet.