Le service est dirigé par un directeur général assisté d'un directeur général adjoint. Le directeur général a rang de chef de service.
Le directeur général et son adjoint sont nommés sur proposition conjointe du directeur général du Trésor et du directeur général des finances publiques.
Sous réserve des compétences du service des achats de l'Etat, le directeur général est habilité à signer les marchés publics nécessaires à l'exercice des missions du service.