Les établissements sont soumis au contrôle administratif de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche. Le contrôle financier s'exerce a posteriori ; les établissements sont soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances ; leurs comptes sont soumis au contrôle juridictionnel de la Cour des comptes, contrôle portant notamment sur la politique de ressources humaines des établissements.
L'agent comptable exerce ses fonctions conformément aux règles de la comptabilité publique et dans les conditions fixées par le décret en Conseil d'Etat prévu à l'article L. 719-5.
Ce même décret précise les cas et les conditions dans lesquels les budgets des établissements sont soumis à approbation ainsi que les mesures exceptionnelles prises en cas de déséquilibre.