Le Conseil supérieur des programmes est placé auprès du ministre chargé de l'éducation nationale. Il travaille en toute indépendance.
Il est composé, à parité de femmes et d'hommes, de dix-huit membres désignés pour cinq ans. Il comprend trois députés, trois sénateurs, désignés, respectivement, par les commissions permanentes compétentes en matière d'éducation de l'Assemblée nationale et du Sénat, deux membres du Conseil économique, social et environnemental, désignés par son président, et dix personnalités qualifiées nommées par le ministre chargé de l'éducation nationale. Les membres du Conseil supérieur des programmes ne peuvent pas simultanément appartenir au Conseil national d'évaluation du système scolaire. Le décret prévu à l'article L. 231-17 précise la répartition par sexe des personnes désignées par chacune des instances et autorités compétentes.