A compter du 1er janvier 1999, sont érigés en services à compétence nationale les musées ci-après :
- le musée des châteaux de Malmaison et de Bois-Préau (annexes : maison Bonaparte et musées de l'île d'Aix) ;
- le musée de la Renaissance, château d'Ecouen ;
- le musée du Moyen Age, thermes et hôtel de Cluny ;
- le musée des civilisations de l'Europe et de la Méditerranée ;
- le musée Magnin à Dijon ;
- le musée Clemenceau et de Lattre de Tassigny, à Mouilleron-en-Pareds ;
- les musées nationaux du xxe siècle des Alpes-Maritimes :
- musée Fernand-Léger à Biot ;
- musée du Message biblique Marc-Chagall à Nice ;
- musée La guerre et la paix de Picasso à Vallauris ;
- le musée de Port-Royal des Champs, à Magny-les-Hameaux ;
- le musée de préhistoire des Eyzies-de-Tayac ;
Ces services sont rattachés au directeur général des patrimoines.
Dans le cadre des orientations fixées par le service des musées de France de la direction générale des patrimoines, ces services ont pour mission, à titre permanent, de conserver, inventorier, étudier, restaurer, enrichir et exposer, en vue de l'éducation et de la délectation du public, les collections appartenant à l'Etat et inscrites sur l'inventaire des musées nationaux.