Pour l'exercice des activités en rapport avec la médecine de prévention, les médecins des armées sont supervisés par un médecin superviseur de médecine de prévention. Ce médecin est désigné par le directeur régional pour chaque secteur géographique proposé par le conseiller et expert régional.
Ce praticien qualifié en médecine du travail, affecté au sein du service de médecine de prévention du ministère de la défense mentionné à l'article 37 du décret du 29 mars 2012, apporte son aide et ses conseils aux médecins des armées du secteur pour lequel il a été désigné. Il réalise des visites de supervision au cours desquelles il s'assure notamment du respect des recommandations de bonnes pratiques en vigueur dans le domaine de la médecine du travail. Les médecins adjoints en charge de la médecine de prévention des militaires sont les correspondants attitrés du médecin superviseur.