Conformément à l'article 38 du décret du 29 mars 2012 susvisé, le directeur central du service de santé des armées désigne un praticien qualifié en médecine du travail, dénommé coordonnateur national de la médecine de prévention du ministère, pour apporter son conseil technique et son expertise à la sous-direction en charge de la mise en œuvre et du pilotage de la médecine d'armée à la direction centrale du service de santé des armées.
Ce praticien centralise et exploite les données et les rapports annuels de synthèse transmis par les directions régionales ou interarmées du service de santé des armées concernant l'exercice de la médecine de prévention réalisée au profit du personnel militaire. La synthèse chiffrée est transmise à l'inspecteur de la médecine de prévention dans les armées.