Le conseil d'administration de l'institut comprend, outre son président, vingt-deux membres :
1° Le secrétaire général de la défense nationale ;
2° Un député et un sénateur respectivement désignés par l'assemblée à laquelle ils appartiennent, à chaque renouvellement de celle-ci ;
3° Un membre du Conseil supérieur de la formation et de la recherche stratégiques, désigné par le président de son conseil d'administration ;
4° Dix représentants de l'Etat désignés par le Premier ministre, sur proposition des ministres concernés :
- quatre représentants du ministre de la défense dont un appartenant à la direction générale de l'armement ;
- deux représentants du ministre des affaires étrangères ;
- un représentant proposé conjointement par les ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ;
- un représentant du ministre de l'intérieur ;
- un représentant du ministre chargé de l'économie ;
- un représentant du ministre chargé de la fonction publique ;
5° Le directeur de l'Institut national des hautes études de la sécurité et de la justice ;
6° Le président de l'Union des associations de l'Institut des hautes études de défense nationale ;
7° Un représentant des associations d'auditeurs désigné par le Premier ministre ;
8° Cinq personnalités qualifiées désignées par le Premier ministre :
- un militaire sur proposition du ministre de la défense ;
- deux personnalités du monde économique, sur proposition du ministre chargé de l'économie ;
- deux auditeurs civils ayant satisfait aux obligations des sessions, sur proposition du secrétaire général de la défense nationale et de la sécurité nationale.
Lorsque le président ne peut présider une séance, le conseil est présidé par le secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale. A défaut, un président de séance est élu à la majorité des membres présents, réputés présents ou représentés.