Le directeur général assure le commandement militaire de l'Ecole polytechnique. A ce titre, il est responsable, devant le ministre de la défense, de l'observation des règlements militaires à l'intérieur de l'école et de la formation militaire des élèves pour le temps où ils sont sous son commandement. Il dispose des prérogatives conférées à l'autorité militaire de deuxième niveau par l'article R. 4137-10 du code de la défense.