Deux commissions administratives paritaires sont respectivement placées auprès du ministre chargé de la santé et du directeur général de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé.
La commission administrative paritaire placée auprès du directeur général de l'Agence nationale de sécurité du médicament et des produits de santé est compétente à l'égard des membres du corps affectés dans cet établissement.
La commission administrative paritaire placée auprès du ministre chargé de la santé est compétente à l'égard des autres membres du corps.
Il est créé une commission administrative paritaire commune à l'ensemble du corps compétente à l'égard des actes individuels nécessitant une appréciation comparée des mérites respectifs des agents.