Le fonctionnement du conseil supérieur et des structures qui en dépendent est assuré par un secrétaire général sous l'autorité du président.
Le secrétaire général est chargé de la préparation et de l'exécution des décisions du conseil supérieur. Il prépare les projets de budget et les comptes annuels du conseil supérieur. Il prépare également la synthèse financière des comptes du conseil supérieur, des conseils régionaux et des entités rattachées. Il peut recevoir délégation du président pour l'engagement des dépenses.
Il remplit les fonctions de secrétaire du conseil supérieur, de la commission permanente et du congrès national des conseils de l'ordre. Sauf lorsque le huis clos a été prononcé, il y a entrée avec voix consultative, de même que dans les commissions et comités.
Il est directeur délégué de la revue SIC.
Il est nommé par le conseil supérieur gérant de la société Expert-Comptable Média.
Il est assisté dans sa tâche par des collaborateurs salariés affectés par services ou directions qui lui sont directement rattachés.
L'emploi de secrétaire général peut être occupé par un fonctionnaire placé en position de détachement ou de disponibilité.
Le personnel du conseil supérieur assure le fonctionnement administratif du Comité national du tableau et de la Chambre nationale de discipline.
Il est tenu au secret professionnel dans les conditions prévues aux deuxième et troisième alinéas de l'article 21 de l'ordonnance du 19 septembre 1945 modifiée.