Conformément à l'article 19 du décret n° 96-764 du 2 septembre 1996, vingt-deux commissions sont créées dans les secteurs d'activité suivants :
Secteur de l'administration et des finances :
- commission administration, finances et action sociale ;
- commission des structures rattachées.
Secteur de la communication et partenariats professionnels :
- commission communication interne et externe ;
- commission des publications ;
- commission des relations avec les pouvoirs publics et le parlement.
Secteur de la coordination des actions régionales :
- commission de la coordination régionale.
Secteur évolution des marchés :
- commission agricole ;
- commission des collectivités locales et des associations ;
- commission des entreprises.
Secteur exercice professionnel et formation professionnelle :
- commission du tableau et de la discipline ;
- commission de la déontologie ;
- commission de la formation professionnelle ;
- commission qualité.
Secteur missions juridiques, fiscales et sociales des cabinets :
- commission de droit comptable ;
- commission fiscale ;
- commission juridique ;
- commission sociale.
Secteur de l'organisation et des missions comptables des cabinets :
- commission des missions comptables ;
- commission de l'organisation des cabinets et des technologies nouvelles ;
- commission informatique.
Secteur des relations internationales :
- commission des actions de coopération technique ;
- commission des relations européennes et internationales.
Les commissions reçoivent délégation du conseil supérieur pour procéder à l'étude des questions relevant de leur compétence, à charge pour elles d'en rendre compte au conseil supérieur ou à la commission permanente.