Le conseil national de l'industrie constitue en son sein, en tant que de besoin, des sections thématiques. Chacune d'entre elles peut faire appel à des experts pour l'assister dans ses travaux.
Il peut également constituer des comités stratégiques de filière chargés de traiter de façon spécifique les questions relatives aux différents secteurs qui les composent et aux relations entre les différents acteurs de ces filières.
Ces comités ont pour mission, chacun pour la filière dont il a la charge, d'effectuer un suivi de l'évolution des activités relevant de son champ de compétence, de l'emploi industriel et de l'adéquation du dispositif de formation et des mesures de politique industrielle spécifiques à la filière concernée, et de faire des propositions d'actions destinées à développer la compétitivité de la filière. Des contrats de filière sont élaborés à partir des propositions des comités stratégiques de filière. Les comités stratégiques de filière en suivent la mise en œuvre.
Le conseil national de l'industrie examine, lors de ses réunions plénières, les contrats de filières et les rapports qui lui sont présentés par chacun des comités stratégiques de filière et par les différentes sections thématiques.