Le directeur scientifique et des collections est nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du président de l'établissement. Il occupe un emploi relevant des dispositions du décret du 30 décembre 1986 susvisé.
Il est chargé, sous l'autorité du président, de la politique scientifique, artistique, d'enseignement et de recherche de l'établissement. Il est vice-président du conseil d'orientation scientifique. Il dirige le grand département mentionné à l'article 3. Il est responsable de la conservation, de la protection, de la restauration, de la gestion, de la mise en valeur et de la présentation au public des collections inscrites sur les inventaires du musée ainsi que de l'étude scientifique desdites collections. Il propose le programme des expositions et concourt à la programmation des manifestations culturelles.