Le comité se réunit sur convocation de son président et au moins deux fois par an. Il peut également se réunir soit à la demande de l'un des ministres parmi ceux chargés de l'environnement, de l'agriculture, de la recherche, et de la santé ou du ministre de la défense, soit à la demande de la moitié de ses membres.
Le secrétariat du comité est assuré par le secrétariat de la Commission nationale de l'expérimentation animale.
Le comité établit un rapport d'activité annuel qu'il adresse au président de la Commission nationale de l'expérimentation animale.
Le comité établit son règlement intérieur.