L'autorisation de projet est notifiée par le ministre chargé de la recherche au responsable du projet et transmise au comité d'éthique dont relève l'établissement utilisateur, dans les délais indiqués à l'article R. 214-125 du code rural et de la pêche maritime. L'autorisation de projet est attribuée pour une durée maximale de cinq ans. L'autorisation précise :
a) Le nom et le numéro d'agrément de l'établissement utilisateur ainsi que le nom de son responsable ;
b) Le nom de la personne responsable de la mise en œuvre générale du projet et de sa conformité à l'autorisation ;
c) Toutes les dispositions spécifiques résultant de l'évaluation du projet, y compris, le cas échéant, la nécessité de le soumettre à une appréciation rétrospective et le moment auquel celle-ci doit intervenir ;
d) L'avis favorable résultant de l'évaluation éthique du projet.
Tout refus d'autorisation de projet est motivé. Le responsable du projet peut contester cette décision auprès du ministre chargé de la recherche qui, si le refus résulte d'un avis éthique défavorable, peut saisir le Comité national de réflexion éthique sur l'expérimentation animale, lequel peut solliciter une contre-évaluation par un ou plusieurs autres comités d'éthique compétents.
Un projet qui a bénéficié, avant la date d'entrée en vigueur du décret n° 2013-118 du 1er février 2013 relatif à la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques, d'un avis éthique favorable du comité enregistré par le secrétariat du Comité national de réflexion éthique sur l'expérimentation animale dont relève l'établissement utilisateur ne nécessitera pas d'autorisation du ministère chargé de la recherche pour sa réalisation à partir du moment où sa durée ne s'étend pas au-delà du 1er janvier 2018. Les projets approuvés avant la date d'entrée en vigueur du décret susmentionné et dont la durée s'étend au-delà du 1er janvier 2018 devront obtenir une autorisation du ministère chargé de la recherche au plus tard le 1er janvier 2018.