Le directeur général de l'établissement public est nommé par arrêté du ministre chargé de l'urbanisme, après avis du préfet de la région Ile-de-France, préfet de Paris, et du président du conseil d'administration.
Les fonctions de directeur général sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration.
Le directeur général est chargé de l'instruction préalable des affaires qui sont de la compétence de l'établissement. Il assiste de droit aux réunions du conseil d'administration et du bureau dont il prépare et exécute les décisions. En particulier, il prépare et présente le programme pluriannuel et les tranches annuelles d'intervention, ainsi que le budget .
Il gère l'établissement, le représente dans les actes de la vie civile, este en justice, passe les contrats, prépare et conclut les transactions dans les conditions fixées par le conseil d'administration. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il recrute le personnel et a autorité sur lui. Il peut déléguer sa signature.
Le directeur général, ou son adjoint, dans les limites des compétences qui lui ont été déléguées, peut, par délégation du conseil d'administration, être chargé d'exercer au nom de l'établissement les droits de préemption dont l'établissement est titulaire ou délégataire et le droit de priorité dont l'établissement est délégataire. Il rend compte de cet exercice au conseil d'administration, à chacune de ses réunions.