Le budget est arrêté par le conseil d'administration de RFF avant le 1er décembre de l'année précédant l'exercice concerné.
Le budget est communiqué aux ministres chargés des transports, de l'économie et du budget. A défaut d'opposition de l'un de ces ministres dans le délai d'un mois à dater de cette communication, ce budget est réputé approuvé. Il peut être modifié en cours d'année selon les mêmes procédures.
Toutefois, en cas de nécessité, le président du conseil d'administration peut prendre, avec l'accord de la mission de contrôle économique et financier des transports, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, des décisions modificatives du budget à condition qu'elles ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni transfert entre les prévisions en matière de redevances, d'investissement et de fonctionnement. Il en rend compte au conseil d'administration lors de la première séance qui suit cette décision.