La Caisse nationale des allocations familiales au sein de laquelle le fonds est constitué assure la gestion administrative, comptable et financière du fonds.
Le directeur de la caisse, en sa qualité de gestionnaire du fonds, effectue les opérations d'engagement, de liquidation et d'ordonnancement des dépenses du fonds en application des décisions du comité de gestion du fonds.
Il conclut avec le président du comité de gestion une convention, approuvée par le comité, qui précise les modalités selon lesquelles la Caisse nationale des allocations familiales exerce sa mission de gestion pour le compte du fonds. Cette convention prévoit également les modalités selon lesquelles le fonds est représenté en justice et dans tous les actes de la vie civile par le directeur.
L'agent comptable de la Caisse nationale des allocations familiales effectue les paiements au vu des états liquidatifs transmis par le directeur ordonnateur des dépenses du fonds, accompagnés le cas échéant de toute pièce justificative.
Les opérations de dépenses et de recettes du fonds sont soumises au contrôle budgétaire de l'Etat mentionné à l'article R. 282-1 du code de la sécurité sociale.
Les sommes non engagées au 31 décembre de l'année viennent abonder le résultat du fonds.