Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président qui fixe l'ordre du jour. La convocation est de droit si elle est demandée par le ministre chargé de la mer, de la sécurité sociale ou du budget, ou par la moitié au moins des membres, sur un ordre du jour déterminé.
Le conseil d'administration ne peut délibérer valablement que si la moitié au moins de ses membres ayant voix délibérative est présente. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de quinze jours ; il délibère alors sans condition de quorum.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. Le président du conseil d'administration a voix prépondérante en cas de partage des voix.
Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance.
Les décisions et délibérations du conseil d'administration deviennent exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par les ministres chargés de la mer, de la sécurité sociale et du budget si aucun d'entre eux n'y fait opposition dans ce délai.
Ces mêmes décisions et délibérations sont transmises au contrôleur budgétaire.