L'organisme gestionnaire est soumis au contrôle budgétaire prévu par le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 dans des conditions fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'agriculture, de la sécurité sociale et du budget. Le contrôleur budgétaire est assisté d'un commissaire contrôleur des assurances chargé de suivre la situation financière du régime et d'émettre un avis sur le rapport prévu à l'article 19.