L'établissement est administré par un conseil d'administration composé de douze membres comprenant :
1. Six représentants de l'Etat :
a) Le délégué interministériel à l'aménagement du territoire et à l'attractivité régionale ou son représentant ;
b) Le directeur du budget ou son représentant ;
c) Le directeur général du Trésor ou son représentant ;
d) Le directeur général des infrastructures, des transports et de la mer ou son représentant ;
e) Le directeur des infrastructures de transport ou son représentant ;
f) Le commissaire général au développement durable ou son représentant ;
2. Un député et un sénateur, trois élus locaux et une personnalité qualifiée.
Le président, choisi parmi les membres du conseil d'administration, et les membres du second collège sont nommés par décret pour une durée de trois ans renouvelable.
La limite d'âge du président du conseil d'administration est fixée à soixante-dix ans.
En cas de vacance, pour quelque cause que ce soit, d'un des sièges relevant du second collège, il est procédé, dans les deux mois, au remplacement du membre défaillant par un nouveau membre de la même catégorie désigné selon les mêmes modalités. Le mandat du nouveau membre expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de son prédécesseur.
Les fonctions de membre du conseil d'administration ne sont pas rémunérées. Elles ouvrent droit à des indemnités et frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.
Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour de la réunion et dirige les débats. Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.
Le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent avec voix consultative aux délibérations du conseil d'administration.