Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour.
Il est réuni de plein droit à la demande écrite d'un tiers de ses membres ou à celle du ministre de tutelle, sur les points de l'ordre du jour déterminés par eux, dans le délai d'un mois suivant la demande.
L'ordre du jour est porté à la connaissance des membres du conseil d'administration au moins dix jours avant la réunion.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est convoqué à nouveau sur le même ordre du jour ; il délibère alors quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Le directeur général de l'agence, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.
Le conseil d'administration entend le ministre de tutelle à sa demande.
Le conseil d'administration ou son président peut également inviter à assister à tout ou partie de ses réunions toute personne qu'il souhaite entendre.
Le bureau du conseil d'administration est composé du président de l'agence et de neuf membres du conseil d'administration, à savoir un représentant du ministre chargé de la politique de la ville, du ministre chargé du logement, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'économie, d'un représentant des collectivités locales et de leurs groupements, de deux représentants de l'Union d'économie sociale du logement (Action Logement), d'un représentant de l'Union nationale des fédérations d'organismes d'habitations à loyer modéré (Union sociale pour l'habitat) et d'un représentant de la Caisse des dépôts et consignations. Il se réunit à l'initiative du président. Il examine les éléments nécessaires à la préparation du conseil d'administration, notamment les questions financières. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
Le directeur général de l'agence, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent aux séances du bureau avec voix consultative.