La comptabilité du fonds de solidarité est soumise au décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
L'agent comptable du fonds est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.
Le fonds de solidarité est soumis au contrôle financier de l'Etat.