Les Thermes nationaux d'Aix-les-Bains sont soumis au régime financier et comptable prévu par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
L'agent comptable des Thermes nationaux d'Aix-les-Bains est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget.