Pendant la période de validité de l'agrément, les organismes agréés adressent chaque année à l'autorité qui a délivré l'agrément un relevé précisant l'origine, le montant et l'utilisation des sommes recueillies et un tableau récapitulant, par entreprise bénéficiaire des aides, leur nom, numéro d'immatriculation au registre du commerce et des sociétés et adresse, le montant détaillé des aides reçues de l'organisme agréé au cours de l'année, ainsi que le montant total des autres aides qu'elles ont obtenues, afin de justifier du respect des dispositions du 4 de l'article 238 bis du code général des impôts. Pour les aides de minimis, l'organisme agréé reporte sur le tableau, pour chaque entreprise aidée, le montant total des autres aides de minimis qu'elle a reçues au cours des deux précédents exercices fiscaux et de l'exercice fiscal d'octroi de l'aide de minimis par l'organisme agréé.
Ces organismes adressent également à l'autorité qui a délivré l'agrément leurs comptes et leur bilan annuels certifiés par un commissaire aux comptes, ainsi que leur rapport annuel d'activité approuvé par l'assemblée générale.
Ils communiquent, sur sa demande, à l'autorité qui a délivré l'agrément, tous renseignements permettant de garantir la conformité des aides accordées à l'un des règlements suivants :
a. règlement (CE) n° 1998/2006 de la Commission du 15 décembre 2006 concernant l'application des articles 87 et 88 du traité aux aides de minimis ;
b. règlement (CE) n° 875/2007 de la Commission du 24 juillet 2007 relatif à l'application des articles 87 et 88 du traité CE aux aides de minimis dans le secteur de la pêche et modifiant le règlement (CE) n° 1860/2004 ;
c. règlement (CE) n° 1535/2007 de la Commission du 20 décembre 2007 concernant l'application des articles 87 et 88 du traité CE aux aides de minimis dans le secteur de la production de produits agricoles ;
d. au 1 de l'article 12 du règlement (CE) n° 800/2008 de la Commission du 6 août 2008 déclarant certaines catégories d'aides compatibles avec le marché commun en application des articles 87 et 88 du traité (Règlement général d'exemption par catégorie).
Les documents et informations relatifs à l'organisme agréé et aux entreprises bénéficiaires des aides sont conservés par l'organisme agréé jusqu'au 31 décembre de la dixième année suivant la date d'octroi d'une aide, en vue de leur mise à disposition de l'administration fiscale.