La commission scientifique indépendante se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président. Le président fixe l'ordre du jour. Figurent également à l'ordre du jour les sujets dont l'inscription est demandée par le ministre chargé de la santé ou par au moins un tiers des membres de la commission.
Chacune des sections prépare les travaux nécessaires à l'exercice des missions définies à l'article D. 4133-16 dans la ou les spécialités de sa compétence.
Lorsque la commission scientifique indépendante est saisie de l'évaluation scientifique d'un organisme de développement professionnel continu intervenant à la fois dans une ou plusieurs spécialités d'exercice et dans la spécialité de médecine générale, chaque section prépare cette évaluation pour son champ d'intervention. Les résultats de l'évaluation sont arrêtés par la commission scientifique indépendante.
La commission scientifique indépendante établit son règlement intérieur, qui prévoit les modalités de participation de chaque section aux travaux de la commission.