Le ministre chargé de l'agriculture adresse au ministre chargé de la sécurité sociale, quinze jours avant la tenue du comité directeur, les thèmes d'audit et d'évaluation des organismes de mutualité sociale agricole qu'il a définis. Ces thèmes, classés selon leur priorité, sont présentés dans une note précisant les objectifs de l'audit et les organismes concernés.
Le comité directeur mentionné à l'article 4 inscrit un à trois de chacun des thèmes d'audit et d'évaluation définis par le ministre chargé de l'agriculture dans le programme de travail de la mission nationale. Pour la détermination de ces thèmes, sont prises en considération la charge de travail de la mission ainsi que la nature des thèmes retenus au titre du programme de travail mentionné au I du même article.