Le budget de l'établissement et ceux qu'il intègre, établis conformément aux dispositions de l'article 175 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 mentionné ci-dessus, sont présentés par nature de recettes et de dépenses. Ils comportent des chapitres, et éventuellement des articles ou paragraphes, selon une nomenclature arrêtée conjointement par le ministre chargé de l'enseignement supérieur et le ministre chargé du budget.
En ce qui concerne les prévisions de recettes, les autorisations d'engagement et les crédits de paiement, les chapitres, spécialisés par nature de recettes et de dépenses, sont regroupés dans deux sections, l'une relative aux opérations de fonctionnement, l'autre relative aux opérations en capital.
Cette nomenclature budgétaire est établie en conformité avec le plan comptable particulier des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel.