Les constatations relevées par la Cour lors de ses contrôles sont portées, dans le respect des dispositions de l'article L. 141-7, à la connaissance des dirigeants de l'organisme et des ministres de tutelle, ainsi que, le cas échéant, du chef de la mission de contrôle ou du contrôleur budgétaire afin qu'ils puissent faire connaître leurs observations écrites, dans le délai d'un mois qui suit cette communication. La Cour peut procéder à des auditions, soit de sa propre initiative, soit à la demande des ministres de tutelle ou des dirigeants de l'organisme. Les représentants des autorités de tutelle sont entendus par la Cour lorsque l'action de ces autorités est mise en cause par les dirigeants de l'organisme dans leurs réponses écrites ou lors de leur audition. A l'expiration du délai d'un mois précité et après avoir procédé éventuellement aux auditions, la Cour statue définitivement.
Les conclusions arrêtées par la Cour sont consignées dans le rapport particulier prévu par l'article L. 135-3, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires applicables en matière de secret.