La couverture des coûts supportés par la Caisse des dépôts et consignations au titre de son rôle d'administrateur national du registre européen, y compris en ce qui concerne le registre de la France en tant que partie au protocole de Kyoto, est, sans qu'il puisse en résulter pour elle des bénéfices, assurée par des frais de tenue de compte à la charge des détenteurs de comptes, y compris l'Etat. A titre exceptionnel, un versement complémentaire de l'Etat peut contribuer à la couverture de ces coûts.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement, du ministre chargé des finances et du ministre chargé de l'aviation civile, fixe chaque année, après avis du directeur général de la Caisse des dépôts et consignations, le montant des frais de tenue de compte applicables aux détenteurs de comptes pour l'année en cours.