Les délibérations portant sur le budget, le compte financier, les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que la participation aux organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les autres délibérations sont exécutoires quinze jours après la réception du procès-verbal par les ministres de tutelle, à moins que l'un d'entre eux fasse opposition dans ce délai. En cas d'urgence, les ministres de tutelle peuvent autoriser conjointement l'exécution immédiate.
Toutefois, les délibérations portant sur le budget et ses modifications et le compte financier, les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que la participation aux organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires sauf opposition des ministres de tutelle ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres. Les délibérations portant sur la participation à des groupements d'intérêt public sont exécutoires conformément aux dispositions du décret n° 83-204 du 15 mars 1983 relatif aux groupements d'intérêt public mentionnés à l'article 21 de la loi d'orientation et de programmation pour la recherche et le développement technologique de la France.
Sont seules soumises au conseil d'administration ainsi qu'à l'approbation des autorités de tutelle et du ministre chargé du budget les modifications du budget qui comportent soit une augmentation du montant global des dépenses inscrites au budget de l'institut, soit une augmentation des dépenses ou agrégats de dépenses dont le caractère limitatif est prévu par le décret n° 2002-252 du 22 février 2002 relatif au régime budgétaire, financier et comptable des établissements publics à caractère scientifique et technologique.