L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228.
L'établissement est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat tel que défini par les décrets du 9 août 1953 et du 26 mai 1955 susvisés. Les attributions de l'autorité chargée du contrôle économique et financier et les modalités d'exercice de son contrôle sont précisées en tant que de besoin par arrêté conjoint du ministre chargé du développement de la région capitale et du ministre chargé du budget.
L'état prévisionnel de recettes et de dépenses de l'établissement s'exécute par année civile.